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Las islas quedan abandonadas hasta el año 1793. El Archipiélago de Galápagos, por hallarse comprendido dentro de la línea establecida por el tratado de Tordesillas, pertenecía a la Corona Española. Posteriormente a la formación de la Gran Colombia el Ecuador tomo posesión de las islas el 12 de febrero de 1832, denominándolo Archipiélago del Ecuador.

La visita de Charles Darwin, durante la colonia es uno de los eventos más importantes en la historia. Sus estudios en las islas permitieron la publicación de su tesis "El Origen de las Especies" en 1859.

Durante la Segunda Guerra Mundial, los Estados Unidos poseía una base aérea estratégica en la Isla Baltra Finalmente, el 18 de febrero de 1973, el Archipiélago es declarado "provincia" con el nombre de Provincia de Galápagos.